El surgimiento de la secuenciación de siguiente generación (NGS) ha revolucionado las ciencias microbiológicas y transformado a la medicina. La secuenciación profunda ha revelado que virtualmente todos los ambientes, incluyendo el cuerpo humano, rebozan de comunidades microbianas diversas. Mientras que los microbios han sido estudiados de manera predominante en el contexto de la patogenicidad, ahora es evidente que la microbiota humana contribuye con funciones biológicas esenciales a la salud. Por el contrario, la disrupción de la microbiota en individuos sanos puede ocasionar disbiosis y está asociada con muchas enfermedades y patologías. En consecuencia, la investigación en la microbiota humana ha comenzado a transformar el panorama de la salud proveyendo de nuevas aproximaciones para la diagnosis y terapéutica. Otras áreas que se benefician de la metagenómica incluyen la seguridad biológica de alimentos y el agua. En la agricultura, los cambios en los microbiomas del suelo y animales pueden ser ahora evaluados en el contexto de la producción de cultivos, salud animal y reducir la dependencia de herbicidas, pesticidas y antibióticos.
Sin embargo, la traducción de la investigación en microbioma hacia aplicaciones de rutina depende de métodos robustos para la generación de datos y su interpretación. Aún más, la secuenciación metagenómica es particularmente vulnerable a la introducción de sesgos y a la contaminación, creando
la necesidad de flujos de trabajo estandarizados y controles.
En esta presentación, la aplicación transformativa del análisis del microbioma en diagnosis, desarrollo de fármacos, salud pública, agricultura y seguridad del agua será discutida. Se explorarán, errores potenciales y estrategias de control para la secuenciación y análisis de flujos de trabajo
